|
|
Sledování výskytu patogenních mikroorganismů v potravinovém odpadu po přídavku různých aditiv
Tomková, Lenka
Plýtvání potravinami a nakládání s potravinovým odpadem je celosvětový problém. Je nutné plýtvání omezit a v případě vzniku potravinových odpadů volit ekologické řešení jejich odstranění jako je kompostování. Proces kompostování je přirozený rozkladný proces, jehož finálním produktem je cenný kompost použitelný jako hnojivo. V této práci je zkoumán vliv aditivních látek na potlačení patogenních mikroorganismů potenciálně přítomných v potravinovém odpadu, aby potraviny vstupující do procesu kompostování byly zdravotně nezávadné. Pro mikrobiologické analýzy byly použity klasické kultivační metody (selektivní média pro bakteriální kmeny Salmonella spp., Escherichia coli, Helicobacter pylori a enterokoky) a pro přesnou identifikaci narostlých kolonií byla provedena MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie a Sangerovo sekvenování. Z výsledků vyplývá, že odpad bez přídavku aditiva obsahoval více patogenních mikroorganismů než odpad s přídavkem aditiva. Nejčastěji se jedná o Serratia spp. a rod Pseudomonas. Jako nejlepší aditivum se jeví Tea tree olej, který efektivně potlačoval zápach a také se v odpadu s jeho přídavkem nevyskytovaly významné patogeny jako např. Pseudomonas fluorescens oproti kontrolnímu vzorku bez jeho přídavku.
|
|
|
Molekulárně genetická analýza vzácných onemocnění oka v romské populaci na území České republiky
Rysková, Natálie ; Lišková, Petra (vedoucí práce) ; Klímová, Aneta (oponent)
Romové jsou největší a nejrozšířenější nadnárodní etnickou komunitou. Česká republika odhaduje jejich 2% zastoupení ve své populaci. Vzhledem k vysoké míře endogamie jsou spektrum a frekvence dědičných onemocnění v romské populaci odlišné od populace většinové. Hereditární onemocnění oka jsou jednou z nejčastějších příčin nevidomosti u dětí a mladších dospělých a představují tak významnou socioekonomickou zátěž. Cílem práce byla molekulárně genetická analýza dědičných onemocnění postihující zrak včetně kombinovaných vad a syndromů u jedinců romského původu a stanovení frekvence detekovaných patogenních variant v této populaci. Molekulárně genetická analýza 17 rodin byla provedena pomocí přímého a celoexomového sekvenování. V rámci mezinárodní spolupráce byla dále stanovena jejich vzájemná míra příbuznosti pomocí programu PLINK. Frekvence vybraných variant byla sledována na kontrolním souboru 156 romských exomů a genomů. Spektrum chorob v analyzovaném souboru zahrnovalo různé dystrofie sítnice, primární kongenitální glaukom, Usherův syndrom, neuronální ceroidní lipofuscinózu, Noonanův syndrom, nanoftalmus a syndrom kongenitální katarakty, faciálního dysmorfismu a demyelinizační neuropatie. Výsledky diplomové práce naznačují, že romská populace žijící na území České republiky má vyšší riziko vzniku...
|
|
|
Analýza mutací v genu p53 pomocí sekvenování
BUŘIČOVÁ, Tereza
Úlohou této práce je podrobná literární rešerše k seznámení se s metodikou výzkumné části ve fakultní laboratoři Jihočeské Univerzity na Zdravotně sociální fakultě v Českých Budějovicích. Tumor supresorový gen TP53 má klíčovou roli při ochraně před nádorovým bujením. Právě tento gen je mutován u více než 50 % maligních nádorů. V první části tato bakalářská práce pojednává o nádorových onemocněních a tumor supresorových genech jako o celku a poté v další časti se zaměřuje na výše zmiňovaný tumor supresorový gen TP53 a mutace v něm. Praktická část práce se zaměřuje na analýzu mutací na exonu 11. Analýza byla prováděna na třiceti vzorcích, které byly poskytnuty od anonymních probandů. Jednalo se o dvě skupiny probandů. Polovinu vzorků, které jsou označeny čísly od 1-15, poskytli probandi, kteří ve své rodinné anamnéze zaznamenali karcinom. Druhou polovinu tvořily vzorky, popsané písmeny od A-O, od probandů, kteří si nebyli vědomi, že se karcinom v jejich rodině nachází. Tyto vzorky byly izolovány, naamplifikovány pomocí metody PCR a osekvenovány firmou GenSeq s.r.o. v Českých Budějovicích. Při ,,okometrickém" zhodnocení bylo zjištěno, že u vzorků není přítomna ani jedna heterozygotní mutace. Po vložení sekvence do programu NCBI Blast jsem se domnívala, že některé vzorky by mohly obsahovat homozygotní mutaci, nicméně, po řádném přezkoumání bylo zjištěno, že se pouze jedná o špatně čitelnou část sekvence, tedy ani u jednoho zkoumaného vzorku mutace nebyla přítomna.
|
|
|
Sekvenování genu ZNF341
POSPÍCHALOVÁ, Kateřina
Ve své bakalářské práci jsem se zabývala problematikou genu ZNF341, který je spojený s defektem proteinu STAT3, způsobující syndrom hyperimunoglobulinémie E. Hyper IgE syndrom je multiorgánové onemocnění způsobující ekzémy, alergie, skoliózu a spoustu dalších nemocí. V teoretické části jsem se zaměřila na gen ZNF341, jeho charakteristiku, umístění na chromozomu a onemocnění, které způsobuje jeho deficit. Následně jsem se zaměřila již na zmíněné onemocnění hyperimunoglobulinémie E. U této nemoci jsem zkoumala, v jakých formách se vyskytuje a tím, jaké jsou jeho příčiny a následky. Také jsem se v teoretické části zmínila o metodě PCR a o metodách sekvenování DNA. V praktické části jsem zpracovala 20 anonymizovaných vzorků. U všech vzorků jsem provedla izolaci DNA, PCR, elektroforézu, přečištění produktů PCR. Následovala příprava na Sangerovo sekvenování. Vzorky jsem poslala firmě GenSeq s.r.o. k osekvenování, protože ve školní laboratoři nebyl příslušný sekvenátor. V závěrečné části bakalářské práce jsem vyhodnocovala získané sekvence. K vyhodnocení sekvencí jsem používala program BioEdit a internetovou databázi NCBI. Také jsem dostala k dispozici několik sekvencí od dětí z Českobudějovicka a Karvinska. U těchto vzorků jsem poté porovnávala výskyt mutací genu. Z celkem vyhodnocených 40 vzorků jsem ve dvou z nich našla mutaci. Šlo o stejnou mutaci, která doposud nebyla popsána v databázi NCBI.
|
|
|
Sekvenování genu ORMDL3
KRUPILOVÁ, Kristýna
Hlavním tématem předkládané práce je analýza sekvencí genu ORMDL3, který je identifikován jako potenciální rizikový faktor řady onemocnění, přičemž nejdiskutovanějším z nich je dětské astma. Tento gen je členem skupiny genů ORMDL, kódující transmembránové proteiny ukotvené v endoplazmatickém retikulu. ORMDL3 je u člověka lokalizován na chromozomu 17, v oblasti 17q21.1. V teoretické části práce jsou blíže specifikována autoimunitní onemocnění, na jejichž vzniku a rozvoji se mutace v genu ORMDL3 do určité míry podílí. Těmito onemocněními je již zmíněné astma, dále Crohnova choroba, revmatoidní artritida, inzulin dependentní diabetes mellitus a primární biliární cirhóza. Následně je zde popsána metoda Sangerova sekvenování, pomocí níž byly vzorky sekvenovány, a novodobá metoda NGS. Praktická část práce je zaměřena na přípravu vzorků pro Sangerovo sekvenování a hodnocení sekvenačních dat. K amplifikaci požadovaného úseku pro sekvenační reakci byla použita metoda PCR. Takto bylo připraveno 20 anonymizovaných vzorků DNA.K sekvenování firmou Genseq s.r.o. bylo odesláno 15 vzorků. Dále bylo hodnoceno 20 poskytnutých vzorků, z nichž 10 bylo od dětí z Českobudějovicka a 10 od dětí z Karvinska. Také tyto vzorky byly anonymizovány. Pro analýzu sekvencí jednotlivých vzorků DNA byl využit volně přístupný program BioEdit a databáze NCBI. Sekvence byly přečteny z obou stran (forward a reverse), nalezené mutace identifikovány a výsledná data zaznamenána do grafů. Po přečtení vlastních sekvencí byla u 5 z 15 vzorků přítomna heterozygotní mutace. Stejná mutace byla přítomna také v poskytnutých sekvencích, konkrétně u 8 z 10 Českobudějovických a 3 z 10 Karvinských. Tato mutace není v databázi NCBI dosud popsána.
|
|
|
Sekvenování genu ALAS2
HOLOUBKOVÁ, Renata
Ve své bakalářské práci jsem se zabývala detekcí mutací v genu ALAS2. V teoretické části jsem se zabývala seznámením se s genetickými pojmy a samotným oborem genetika. Práce začíná od samotné buňky, po chromozomy, přes mutace. Dále jsem se zabývala přímo genem ALAS2. V následujících kapitolách jsem se zaměřila na hem, neboť gen ALAS2 kóduje enzym, který je zodpovědný za produkci hemu. V neposlední řadě jsem popsala onemocnění erytropoetickou protoporfyrii a sideroblastickou anémii, která vznikají právě kvůli mutacím v tomto genu. V praktické části jsem se věnovala vyšetření genu ALAS2 exonu 11. Vyšetřovala jsem 25 zanonymizovaných vzorků, ze kterých jsem izolovala DNA. Požadovaný úsek genu jsem poté metodou PCR naamplifikovala. Vzorky jsem připravila na metodu sekvenování, která proběhla u firmy GenSeq s.r.o. V poslední části mé bakalářské práce jsem se zabývala jednak hodnocením sekvencí a zpracováním výsledků, ale také vyhodnocením sekvencí od dětí z Karvinska a Českobudějovicka, které jsem obdržela. Z celého vyšetřovaného souboru a souboru na zhodnocení nebyly nalezeny žádné mutace. Pro hodnocení z většího souboru dat byly přidány výsledky nalezených mutací z výzkumu.
|
|
|
Analýza genových polymorfismů v MBL2 genu a její diagnostický význam
PEŠKOVÁ, Jana
Gen MBL2 kóduje protein zvaný manózu vázající lektin, který je složkou imunitního systému. Protein se účastní nespecifické humorální imunitní odpovědi, opsonizuje patogenní mikroorganismy a zajišťuje aktivaci komplementu lektinovou cestou vedoucí k jejich eliminaci a zároveň k indukci zánětu. Deficitní hladiny MBL proteinu jsou široce zkoumány v souvislostech s opakovanými infekcemi, autoimunitními onemocněními i řadou dalších chorob. Sérovou hladinu MBL proteinu ovlivňují polymorfismy v MBL2 genu, které se nacházejí celkem ve třech kodonech označovaných jako 52, 54 a 57. Mutace v kodonu 52 se označuje jako alela D, pro kodon 54 jako alela B a pro kodonu 57 jako alela C. Tyto mutované alely jsou často souhrnně označovány jako alely 0, wild type alela je značena písmenem A. Další polymorfismy se nacházejí v netranslatovaných oblastech. V promotoru 1 se nachází v pozici -550 (varianty H/L), druhý v pozici -221 (varianty X/Y) a jeden je lokalizován v oblasti netranslatovaného 5' konce regulačního lokusu v pozici +4 (varianty P/Q). Praktickou část jsem vykonala v genetické laboratoři GENLABS s.r.o. v Českých Budějovicích. Zaměřila jsem se na analýzu polymorfismů MBL2 genu, které se nacházejí v exonu 1 (alely B, C, D). Vyšetřila jsem celkem 30 vzorků, z nichž 25 pocházelo od pacientů postižených demencí a 5 od pacientů bez známek demence. Analýza zahrnovala izolaci DNA, měření její koncentrace, přípravu a provedení metody PCR s následnou kontrolou produktů pomocí gelové elektroforézy. PCR produkty byly přečištěny a osekvenovány. Přesným popisem analýzy se zabývám v praktické části mé bakalářské práce, včetně přehledu získaných výsledků.
|
|
|
Detekce mutací a intragenových přestaveb v genech BRCA1 a BRCA2 pomocí sekvenování a metody MLPA
PECHOVÁ, Kristýna
Ve své bakalářské práci jsem se zabývala detekcí mutací v BRCA genech a jejich vlivem na vznik karcinomu prsu. Toto téma je v dnešní době velice důležité, protože právě karcinomy prsu jsou nejčastějším nádorovým onemocněním u žen v České republice (Weinberger a Zikán, 2016). V teoretické části jsem se zaměřila na karcinom prsu, především na jeho diagnostiku a následnou léčbu. Dále jsem se věnovala genetickému poradenství a vyšetření, které je pro diagnostiku dědičných forem karcinomů velmi důležité. Uvedla jsem základní informace týkající se BRCA genů a jejich bílkovinných produktů a shrnula jsem problematiku mutací v těchto genech a jejich souvislost s nádorovým onemocněním, zejména prsu a ovária. V praktické části jsem se věnovala vyšetření vybraných oblastí BRCA genů metodou Sangerova sekvenování. Dnes se BRCA geny vyšetřují metodou NGS, protože umožňuje prohlédnout všechny exony daného genu najednou, ale toto testování nebylo v mých laboratorních podmínkách možné provést, proto jsem zvolila metodu Sangerova sekvenování, která má však určitá kapacitní omezení. Pomocí metody PCR jsem připravila vzorky pro Sangerovo sekvenování, které následně provedla firma Genseq s.r.o. V poslední části své práce jsem zpracovala získané sekvence a provedla vyhodnocení výsledků. Sekvenační metodou jsem nechala vyšetřit celkem 20 anonymizovaných vzorků, z toho byla mutace přítomna u 4 vzorků - jedna byla patogenní, jedna benigní a dvě s nejasným významem.
|
|
|
Sekvenování genů u pacientů s karcinomem v rodinné anamnéze
MARKOVÁ, Iveta
Nádorové onemocnění je druhá nejčastější příčina smrti v České republice, z čehož 5-10 % zaujímají hereditární nádorové syndromy. Jsou způsobeny vrozenou - hereditární mutací v jedné z alel genů, kdy po druhém náhodném zásahu do druhé alely se rozvine hereditární karcinom. Důležité je rozlišení hereditárních a sporadických karcinomů z důvodu vysokého rizika dědičnosti mutovaných alel v rodině. Upozornit na to může například propuknutí nemoci v mladém věku nebo opakovaný výskyt nádoru v rodině (Kleibl & Novotný, 2003; Vorlíček, et al., 2006). Ve své práci jsem se zaměřila na analýzu a hodnocení dat získaných metodou Sangerova sekvenování. Cílem bylo nalezení mutací v níže zmíněných genech a zhodnocení jejich patogenity pomocí srovnání s databázemi. V teoretické části bakalářské práce se zabývám nádorovým onemocněním obecně, jakožto i dědičným nádorovým onemocněním. Blíže specifikuji hereditární syndrom nádoru prsu a ovarií, včetně možných genů způsobujících tento syndrom - BRCA1, BRCA2, TP53, PTEN, ATM, PALB2, dále se zabývám Lynchovým syndromem a systémem genů MMR. V neposlední řadě popisuji familiární adenomatózní polypózu asociovanou s genem APC. V praktické části jsem se zaměřila na vyšetření vybraných oblastí 18 anonymizovaných vzorků v genu PALB2 - exon 13 a v genu BRCA2 - exon 10/4 a exon 11/12. Pomocí PCR metody jsem vzorky připravila na Sangerovo sekvenování, které poté probíhalo ve firmě GenSeq s.r.o. V poslední části mé práce se zabývám analýzou a samotným zhodnocením výsledků pomocí programu BioEdit a databáze NCBI. U 5 vzorků jsem nalezla mutaci - ve 4 případech se jednalo o deleci jednoho nukleotidu s konfliktní interpretací patogenity, poslední mutace byla patogenní - způsobuje hereditární syndrom nádoru prsu a ovarií, jednalo se o duplikaci nukleotidu.
|
|
|
Analýza spektra genetických variant asociovaných s rozvojem Parkinsonovy choroby
Stočesová, Lucie ; Hirschfeldová, Kateřina (vedoucí práce) ; Fajkusová, Lenka (oponent)
Parkinsonova choroba (PD, z angl. Parkinson's disease) je jedno z nejčastějších neurodegenerativních onemocnění u lidí. Postihuje všechny věkové kategorie a počet pacientů s tímto onemocněním stále roste. Genetická příčina PD však zatím není příliš osvětlena a jsou objevovány stále nové a nové kandidátní geny. Cílem této práce je provést mutační analýzu u souboru pacientů a kontrol z české populace a nalézt tak možné genetické příčiny parkinsonismu u kohorty zkoumaných pacientů. Druhým cílem je vyhodnotit korelaci dat získaných různými metodami. Za těmito účely bylo použito sekvenování nové generace. Výsledky tohoto sekvenování byly ověřeny metodami MLPA (Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification), analýzou krátkých tandemových repetic a Sangerovou sekvenací. Pomocí uvedených metod jsme získali široké spektrum možných genetických příčin parkinsonismu ve studovaném souboru pacientů. Patogenní či rizikové varianty byly nalezeny nejen v klasických kandidátních genech typických pro PD (s označením PARK), ale také v genech spojených s jinými neurodegenerativními onemocněními. U necelé poloviny pacientů (42,64 %) nebyla genetická příčina parkinsonismu nalezena. Za použití několika metod jsme zjistili, že sekvenování nové generace je velice přesnou metodou, jež dokáže v genomu dobře odhadnout...
|
host ::
RSS.